Grosse Einschränkungen für die Arbeiten im Simplontunnel ergeben sich durch die Logistik. Der Installationsplatz für die Instandsetzung liegt mitten im Bahnhof Brig. Das bedingt einen enormen Koordinationsaufwand mit den verschiedenen Nutzern des Bahnhofs. Die Gleisbelegung und -nutzung werden teilweise minutengenau vorausgeplant. Der Bahnbetrieb muss während der ­Arbeiten von 2012 bis 2015 vollumfänglich aufrecht­erhalten werden. In der Regel stehen dem Personen- und Güterverkehr drei Viertel der Tunnelanlage zur Verfügung. Nur jeweils ein Viertel der Anlage, das heisst die Hälfte einer Tunnelröhre auf 10 km Länge zwischen dem Portal und dem Spurwechsel in Tunnelmitte, kann gesperrt werden. Die Sperrung einer Tunnelröhre über die gesamte Länge erfolgt nur in Ausnahmefällen und über eine kurze Zeit.

Herausfordernd ist auch die eingeschränkte Zugänglichkeit zu den verschiedenen lokalen Baustellen, verteilt auf 20 km Tunnellänge. Der Zugang kann nur über ein zur Verfügung stehendes Gleis erfolgen. Ge­arbeitet wird zweischichtig an fünf Tagen pro Woche, das heisst zum einen von fünf Uhr morgens bis etwa ein oder zwei Uhr mittags. Nachmittags gibt es eine Logistikschicht auf dem Installationsplatz. In dieser Zeit werden die Bauzüge im Bahnhof Brig abgeladen und wieder neu bestückt. Am Abend beginnt die zweite Schicht. Sie dauert bis fünf Uhr morgens. Die gesamte Bauausführung erfolgt mit Bauzügen, wobei maximal vier gleichzeitig eingesetzt werden können. Beladen werden die Züge von der Schweizer Seite. Erstens, weil der zur Verfügung stehende Platz in Iselle nicht ausreicht, und zweitens, weil es auf diese Weise keine Schwierigkeiten mit den Zollbedingungen gibt.

Das Bauprogramm wurde auf die Projekte auf der Gotthardachse im Tessin und in Italien abgestimmt, da die Teilsperrungen des Simplontunnels während der Bauarbeiten zusätzlichen Verkehr auf der Gotthard­achse generieren. Für die Hauptbauarbeiten steht ein Zeitfenster vom Frühjahr 2012 bis Dezember 2015 zur Verfügung. Fertigstellungsarbeiten müssen in Nacht­intervallen 2016 ausgeführt werden.