Junius wurde 1979 von der Gruppe Internationaler Marxisten in Hamburg gegründet und veröffentlichte zunächst Texte zur Geschichte der europäischen Arbeiterbewegung. Seit 1984 erscheint im Verlag die im Hannoverschen SOAK Verlag begonnene Reihe zur Einführung. Inzwischen umfasst die Reihe über 150 Personen- und Themenbände und deckt neben der Philosophie und den Sozialwissenschaften die Kultur- und Medienwissenschaften breit ab.

Mit dem Jahrbuch Architektur in Hamburg kam 1989 das erste Architekturbuch ins Junius-Programm. Seitdem sind zahlreiche Kooperationen mit den Architektenkammern der Länder, aber auch mit der Bundesingenieurkammer und dem Deutschen Architektur Museum entstanden. Büro- und Gebäudemonografien von Junius stellen die Arbeit mittelgroßer Büros vor und sind für ihre herstellerische Qualität bekannt.

Seit 2006 erscheint bei Junius das Hamburg-Programm. Es verbindet unter anderem die Themen Kunst, Design und Fotografie mit einem lokalen Schwerpunkt und ist ein gestalterisch anspruchsvolles Regionalprogramm.